昭和４０年代初め、列車設定荷重１０００トンを１００ｋｍ／ｈで走行可能な高速貨物コキ１００００が開発され、東京〜九州を短時間で結ぶ特急貨物列車が設定されました。しかし、当時は単機で牽引できる機関車はなく、ＥＦ６６の完成を待つことになります（ＥＦ６６が完成までの間はＥＦ６５Ｆ型を重連で充てていました）。
試作機は９０１号機として運用されていましたが、現在は廃車となっています（廃車解体の模様を載せています）。
第一次量産車は２０両が第二次量産車は昭和４８年昭和５０年まで３５両、合計５５両が国鉄時代に製造されました。
その後、貨物運用の衰退に伴い他形式の貨物機の廃車が進んだ時期もありましたが、バブル経済の好景気を受けて増大した貨物輸送に対応すべく、JR移行後初のＥＦ６６の増備が行われました（１００番台）。
現在は４０・５５・９０１号機が廃車となり、一部保留車も出ています。一方で第一次・第二次量産車の中には更新工事が施された車両もありカラーリングも変更されています。
しかし、ＥＦ２００電気機関車の登場及び年数による老朽化により今後初期型から廃車に追い込まれる可能性が高いと思われます。
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